Barry Schuler: 基因组学 101

基因组学中正在发生什么 这场革命将如何改变我们所了解的关于世界、生命和自身的一切东西， 以及我们对这些东西的思考

如果你看过《2001太空漫游》 你听到了隆隆声,看到了巨大的黑石树 这是亞瑟·查理斯·克拉克（《2001太空漫遊》原著作者）的表述 我们都处于人类物种进化的重要阶段 在电影中，这是指举起骨头同时创造了一个工具 把骨头当作工具使用意味着猿在某种意义上 在四处游荡，觅食和互相做爱时 已意识到他们可以使用工具来制作东西 这把我们推进到下一个水平

尤其在近30年 我们看到了知识和技术的高速发展 同时,技术产生新的知识,带给我们更多的工具 我们也亲历了更多的重要时刻 在七八十年代我们经历了小型计算机的发明 在那时我们不会想到现在每一个人 不仅仅拥有一台电脑而是将近20台 在你家里，不仅仅是你的个人计算机还包括每一个数码设备 在你的洗衣机里，你的手机里 你可以开着车四处走,车上装有12个微处理器 接着我们继续前进,发明了互联网. 将世界联系在一起,使世界变平

我们已看到了如此多的变革,掌握了如此多的 强大的工具 使我们可以把镜头转向我们自身 来观察我们每个人都有的--基因组

你的基因组今天怎么样?你最近有没有考虑过它? 至少听说过吧?你可能听说了一些关于基因组的事情

这会儿我先来说一下基因组是什么 这就像,比如说,你问人们 兆字节(MB)是什么?宽带是什么? 人们都不愿承认：我实在搞不明白 所以我将马上直截了当的告诉你 你们都听过DNA,你一定在生物课上学过那么一点. 一个基因组就是指该生物体的所有DNA信息 DNA是所有生命体都共有的东西 无论你是酵母 还是老鼠 或是苍蝇,我们都有DNA DNA以类似词组的形式组织起来后，我们称之为:基因和染色体

在上世纪50年代,Watson和Crick 首次发现DNA分子的这种美妙的双螺旋结构 这是一种很长,很复杂的分子 然后我们就开始探索的旅程 DNA内部存在一种语言,来决定我们的性状 决定我们遗传什么,决定我们可能得哪种疾病 我们同时也发现DNA是一种非常古老的分子 你体内的所有DNA 从人类起源做为生物时就存在 这份存在于你基因组中的历史档案

存在于我们物种基因组的历史中 而且，你作为一个人类的个体，你从哪里来这个问题 可以追溯到千百万年以前 直到今天才开始被我们所理解 但同时,基因组是生命的说明书 它是生命的程序和代码 是它使你有各种机能 是它使每一个有机体实现各自的功能 DNA是一种非常优雅的分子 它很长,很复杂 你所需要知道的就是它具有4个字母 A,T,C,G,分别代表一种化学物质 利用这4个字母,你就可以来创造语言 这种语言可以描述任何复杂的事物 它总是成对出现 组成一个单词,我们称之为碱基对 你可以认为 就是这四个字母来完成整个生命功能

这样说可能不太直观 那就来举一个大家都熟悉的例子吧,电脑 请看大屏幕,你能看到图片 还有文字,但其实这里真正存在的就只是0和1 电脑技术的语言的二进制的 可能大家对此已经有所耳闻 数字化表示的一切东西都是0和1转化而来的 或者说,就是0和1的一种表述 当你在iTunes上听你喜欢的音乐的时候 那其实就是一大堆0和1在快速的播放 我们看到的这张图片其实也只是0和1 还有，当你打电话和打手机的时候 你的声音通过网络传递 声音首先被转成0和1的信号,然后再传递出去 仅仅利用0和1 我们就能创造出如此复杂和精彩的事物

现在,你从2增加到4,可以创造出更大复杂性 有更多的方式来描述机理 我来说说这意味着什么 如果你来看人类的基因组 包含有32亿对碱基,这数量非常巨大 它们以不同的方式组织到一起 使你成为人类 如果把碱基转换成二进制，仅从容量上看 我们可能就会比微软的Office程序还要小 事实上还没有那么多数据 我得告诉你这些数据还包括了很多垃圾文件 (观众笑声)

这里是在我的基因组中的一个缺陷 我跟它已经做了长期的斗争 当你得病的时候,就是你的基因组中出现了缺陷 实际上,我们长期与之斗争的很多疾病 比如说我们一直不能治愈的癌症 就是因为我们一直不知道癌症在基因组层面是如何运作的 我们现在还仅仅是开始了解基因组

所以，到目前为止我们只是在尝试修理它 通过使用被我称作“向墙扔粪”的药物学手段 换句话说，就是把各种化学药物扔向癌细胞 或许某些药物会起效 但你是否真正了解一个正常细胞是如何癌变的? 控制癌变的密码是什么? 究竟是什么样的指令在其中起作用呢？ 然后你才可以全面理解并着手修复它 那么为方便你下次挑选一瓶顶级葡萄酒，我来告诉你一些事实

我们体内起作用的基因大概有24000个 此外还有大概12万个 它们貌似不是每天都发挥功能 但它们代表了我们这个物种在这千百万年来如何存在 的一份档案 另外你可能会感兴趣的是 老鼠和人类具有相同数量的基因

科学家最近正在为黑比诺葡萄基因测序，大概有3万个基因 所以你所拥有的基因数量可能不足以代表这种复杂性 或者某一特定物种的进化次序 现在,看看坐在你身边的人 我们都是如此的不同 有帅哥也有美女,有苗条的也有丰满的 不同的种族,文化,但我们在基因层面上99.9%都完全平等 仅仅是这遗传物质的万分之一的不同 造就了我们之间如此大的差异 这物质虽小 但最终它们表达出来的方式 造就了人类之间及物种之间的巨大差异

现在,技术使我们能够读出基因组 人类首次基因组计划历时10年,花费30亿美元 由Craig Venter博士最终完成 然后DNA的创始人之一James Watson 测得的基因组花费200万美元,历时两个月 考虑一下计算机工业的历史 从最初的大块头计算机到如今的小型电脑 在此过程中计算机的运算能力和速度也得到了巨大的提高 如今同样的事情也发生在基因组测序上 最尖端的技术正在研究 在一个小时或者半小时的时间里花费5000美元来测人类基因组 在未来5年内这项技术将成为现实

这就意味着 你可以随身带着你的个人基因组数据卡。就是这个 你去买药的时候 就不会买那种大家通用的药物 而是把你的基因组数据给药师 药师根据你的情况为你配药 这比传统的的给药方式要好的多 而且也不会有副作用 所有的副作用,比如说油腻沉积 总之广告片里说的那些副作用,你都不用考虑 科学家们正在将那些副作用全部扫除掉

那到底基因组是什么样的呢? 请看这里,它是个很长很长的这样一系列的碱基对 如果给你看人类的基因组和鼠的基因组,你会发现完全没有不同 现在,科学家正在做的就是 来理解它们如何运作,它们有什么样的意义 因为自然界正在不停的双击鼠标执行程序 换句话说,这里的前面几个句子 表示这是一棵葡萄树 生根,生枝,开花 在人体中,就应该是 产生血细胞,生成癌症 对我来说可能就是: 每吃进一卡路里的食物,就保留一卡路里 因为我生在一个寒冷的气候里 对我妻子来说就是:每天三餐,绝不变胖 这些都是藏在基因组里的密码 正在被快速的研究和发现

那么,既然我们已经能读出基因组 我们已有了这本生命之书，现在我们该做什么? 当然可作的事情很多,有些也很激动人心 有些人可能会觉得有点吓人,我来说几个事情 有些没准儿会让你吐我一身,没关系 现在,我们已经能够了解生物体的历史

可以做个简单的测试:刮一下你的脸,然后把样本寄给我们 根据这个样本,可以找到你的亲戚来自何方 也可以上溯几千年进行家系分析 我们能够理解功能,这是真正重要的 比如说我们可以理解为什么在血管中会产生血小板 为什么在谷类中会产生淀粉 酵母为什么会代谢出糖分和二氧化碳 或者从更宏观一点的角度来看,究竟是什么造成问题 什么造成疾病,我们可以如何来修复 既然我们能够理解 能够修复,我们就能使人类这个物种变得更好

最重要的是，这些发现告诉我们 大自然给我们提供了一个惊人的工具箱 这工具箱的确存在 这工具箱的设计师比我们更聪明灵巧 我们现在只是有使用它的能力 我们现在只是能够读出基因组,能写出来

我所在的公司Synthetic Genomics(合成基因组) 为一个小虫子造出了第一个人造全基因组 这个小虫子是一个非常原始的生物体,叫做生殖道支原体 如果你有泌尿道感染,我是说如果 你肯定和这个小东西打过交道 它非常小,只有246个基因 但我们有能力完全合成这些基因 目前，你拥有基因组然后你对自己说 如果我把新的基因片段替换旧的片段 他能否正常存活呢 恩，这是很可能的

不仅如此，你可以将自己的基因组和合成的基因组 移植到另外一种生命体内，比如酵母上 于是它就变成了支原体酵母 打个比方，在一个PC上运行Mac OS的软件 事实上，你可以用另一种方法 所以要知道当书写基因组成为可能 并将它植入一个生命体 如果你愿意就可以通过软件改变硬件 这是具有非常大的深远意义

去年法国和意大利联合发布了一个公告 他们一起率先完成了黑比诺葡萄的测序 现在已经得到了完整的黑比诺有机体的基因组序列 他们再一次验证了一共约两万九千个基因 他们发现了产生不同口味的路径 虽然这是非常重要的理解 那些由基因决定的化学成分 必须与在舌头部位基因组的受体匹配 为了使我们理解和判断那些口味

他们也发现了 有许多活性物质产生了香气 他们已经确定了易受疾病感染的脆弱区域 他们正在进一步了解，工作仍在继续 彻底弄清这种植物的运作机制，然后我们就有能力去了解 去解读整个编码并理解它是如何精确表达的 然后你会做什么？ 我们可以读懂它，书写它，改变它 也许从头开始些基因组也可能，那你会做什么？ 也许有一件事你会做，可能被大家叫做德国弗兰克－黑诺 （观众笑声）

我们可以创作出一种更好的葡萄树 顺便说以下，正如你们所知 对转基因生物你们承受了很大压力 还没有任何一棵葡萄树在这个果园或其他地方 不是转基因的 它们不是从种子生长出来的，他们嫁接在砧木上 它们不可能独自生长在自然界

所以不必担心，别有太大压力，我们将一直这样做下去 所以我们可以将目光集中在抗病基因 我们可以达到更高的领域 并不依靠新奇的耕作技术或高昂的成本 我们可以充满信心地突破气候的限制 我们可能在纽约长岛种植黑比诺葡萄，老天爷不会同意 (观众笑声)

我们可以酿造出更好的风味和香气 你想要这多一点的覆盆子口味，或那有些巧克力口味么？ 所有这些东西都是可以实现的 并且我愿意打赌这个将实现 可是这里存在一个生态系统 换句话说，我们不是那种独特的小生命体到处乱跑 我们属于一个大生态系统

事实上，我不得不告诉诸位 在你们的消化道里约有十磅的微生物 他们在你的身体循环系统里到处存在 我们海洋与微生物为伍 事实上，当 Craig Venter为海洋微生物基因组测序时 在开始的三个月里把已知物种数增加了两倍 通过在水下20英尺中发现的全新微生物 我们现在了解到那些微生物对我们的气候有着更多的影响 调节二氧化碳和氧气方面它们比植物的作用更大 我们曾一直认为植物向大气中供氧

我们发现在这座星球上微生物无处不在 在冰里，在煤里，在矿石中，在火山口，这是一个奇迹 但是我们也发现，当我们研究植物时，在植物里 就目前我们所知道的和开始了解的植物的基因组 有一个围绕它们的生态系统 有微生物生活在他们的根部系统 它们的影响之大和那些植物 自身的代谢途径一样重要

如果你仔细的看看根部系统 你会发现许多许多许多不一样的微生物菌落 这对于葡萄栽培者来说不是大新闻 要知道他们一直注意着浇水和施肥 而且这在某种程度上也是我所说的“向墙扔粪”药理学 你知道一些肥料使植物更健康所以你就多放一些 你不需要知道颗粒度这些概念 具体到什么组织提供什么口味并具有什么样的性质 我们可以搞清楚这个问题 我们谈论良田，我们崇拜沃土 我们感叹，哇，太棒了！我的伟大沃土！ 我得到了这块地而它创造出了让你都不敢相信的沃土

是的，你知道，我们真的，一直争论这个问题 说它受气候土壤影响，是这个那个，大家知道么？ 我们搞明白了到底什么才是真正的沃土 它在那儿等待着被测序 那儿有成千上万的微生物 他们易被测序不像人类 他们只有一千到两千左右的基因 我们可以弄清他们是什么

我们只需要在土地上取样挖一个坑，找到那些小东西 给他们测序，根据我们喜欢和不喜欢的特性进行相关分类 就像一个数据库，然后施肥 那是我们明白了什么是沃土 所以有些人会说，我的天，我们难道在捉弄上帝？ 我们现在对改变生物体的基因，是否就是在挑衅上帝呢？ 还有，你们知道，人们总是问James Watson 上帝并不是一个一直政治立场正确的家伙 （观众笑声） 然后他们会说：你到底是不是在捉弄上帝？ 他有我所听到过的最佳答案 “好吧，总得有人做” （观众笑声）

我认为我自己是一个非常有信仰的人 并不是指那种有组织的宗教信仰 我想告诉你：我不相信有任何非自然的事物 我不相信化学是非自然的 我说过我会让你们中的一些人呕吐 这显而易见：我们不凭空发明分子，化合物 他们原本就存在于这个宇宙之中 我们认识事物，我们在某种程度上改变他们 我们并没有创造出任何非自然的东西

现在，我们可以造成坏的影响 我们可以毒害自己，我们可以毒害地球 但是这只是由我们的错误所造成的自然的产物 所以现在的情况是，自然界给我们提供了一个工具箱 而且我们发现这个工具箱里应有尽有 信不信由你，甚至有可以生产出汽油的微生物 有各种微生物，我们回到酵母 有各类天然化工厂 自然界提供给我们的最成熟的化工厂 而现在我们可以利用它们 同样也有一系列自然法则

自然界不允许你做的 我们可以改变葡萄的基因，但是猜猜会怎样？ 我们无法让葡萄生孩子 大自然设立了一套法则 我们可以在自然法则里工作，但我们无法打破法则 我们只是在学习这些法则到底是什么 我来问个问题，如果你可以治好所有疾病 如果你能把所有疾病赶走 因为我们掌握了疾病是怎样运作的 如果我们可以通过在极其恶劣的环境种植营养又健康的农作物 来消灭饥饿 如果我们可以创造大量清洁的能源 我们在合成基因的实验室里 有单细胞生物体可以吸收二氧化碳 然后产生一种和汽油非常相似的分子 我们正想减排的二氧化碳，不是糖，不是其他任何东西 二氧化碳，加一点点阳光 然后你的到了一种精炼的脂质 我们就能解决能源危机，还能减少二氧化碳 我们可以清洁我们的海洋，我们能酿造更好的红酒 如果我们有这个能力，我们愿意去做么？ 哦，其实我觉得答案很简单 与自然合作，使用我们已掌握的工具 这是人类进化的下一步

而我可以告诉大家，再坚持健康的活20年 如果你可以继续活好20年，你可以活到150岁，甚至300岁

谢谢