Jonathan Eisen : faites connaissance avec vos microbes

Je vais commencer par une petite histoire. Donc, j'ai grandi dans ce quartier. Quand j'avais 15 ans, j'ai cessé d'être ce que je pense que j'étais, un jeune athlète costaud, en quatre mois, je me suis étiolé lentement jusqu'à ce que je sois en gros victime de famine avec une soif inextinguible. En gros, j''avais digéré mon corps. Et tout ça a atteint un paroxysme quand j'étais en randonnée, ma première randonnée en fait, sur Old Rag Mountain en Virginie Occidentale et que je mettais mon visage dans des flaques d'eau et je buvais comme un chien.

Cette nuit-là, j'ai été emmené aux urgences et diagnostiqué comme diabétique de type 1 en pleine crise d'acidocétose. Et j'ai récupéré, grâce aux miracles de la médecine moderne, l'insuline et d'autres choses et je suis revenu à mon poids initial, et je l'ai même dépassé.

Et quelque chose a pourri à l'intérieur de moi après ça. Ce à quoi je pensais c'était, qu'est-ce qui a provoqué le diabète ? Vous voyez, le diabète est une maladie auto-immune où votre corps se combat lui-même et à l'époque les gens pensaient que peut-être, d'une certaine façon, l'exposition à un agent pathogène avait déclenché mon système immunitaire pour qu'il lutte contre l'agent pathogène et puis tue les cellules qui fabriquent l'insuline. Et c'est ce que j'ai pensé pendant longtemps, et c'est en fait ce sur quoi la médecine et les gens ont continué à se concentrer, les microbes qui font du mal. Et c'est là que j'ai besoin de mon assistante. Vous la reconnaissez peut-être.

Donc, je suis allé hier, je m'en excuse, j'ai séché quelques conférences, et je suis allé à la National Academy of Sciences, et ils vendent des jouets, des microbes géants. Et c'est parti ! Vous avez attrapé la maladie mangeuse de chair si vous avvez attrapé celui-là. Il faut que je retrouve mes aptitudes au baseball ici.

(Rires)

Donc, c'est malheureux ou ce n'est pas étonnant, la plupart des microbes qu'ils vendent à la National Academy sont des agents pathogènes. Tout le monde se concentre sur les choses qui nous tuent, et c'est ce sur quoi je me concentrais . Et il s'avère que nous sommes couverts d'un nuage de microbes, et ces microbes nous font du bien la plupart du temps, plutôt que de nous tuer. Et donc, nous le savons depuis un certain temps. Les gens ont utilisé des microscopes pour observer les microbes qui nous recouvre, je sais que vous ne faites pas attention à moi, mais...

(Rires)

Les microbes qui nous recouvrent. Et si vous les regardez au microscope, vous pouvez voir que nous avons en fait 10 fois plus de cellules de microbes sur nous que de cellules humaines. La masse de microbes et supérieure à la masse de notre cerveau.

Nous sommes littéralement un écosystème qui grouille de micro-organismes. Et malheureusement, si vous voulez en savoir plus sur les micro-organismes, il ne suffit pas de les regarder au microscope. Et donc nous venons d'entendre parler du séquençage de l'ADN. Il s'avère que l'une des meilleures façons de regarder les microbes et de les comprendre est de regarder leur ADN. Et c'est ce que j'ai fait depuis 20 ans, à l'aide du séquençage de l'ADN, en recueillant des échantillons de divers endroits, y compris le corps humain, en lisant la séquence d'ADN et puis en utilisant le séquençage de l'ADN pour nous parler des microbes qui se trouvent dans un endroit particulier.

Et ce qui est étonnant, lorsque vous utilisez cette technologie, par exemple, si l'on considère les êtres humains, nous ne sommes pas seulement couvert d'une mer de microbes. Il y a des milliers d'espèces différentes de microbes sur nous. Nous avons des millions de gènes de microbes dans notre microbiome humain qui nous recouvrent. Et donc cette diversité microbienne diffère d'une personne à l'autre, et ce à quoi les gens ont pensé ces 10, peut-être 15 dernières années c'est que ces microbes, ce nuage microbien en nous et sur nous, et les variations entre nous, sont peut-être responsables des différences de santé et de maladie entre nous.

Et ça nous ramène à l'histoire du diabète que je vous racontais. Il s'avère que les gens pensent maintenant que l'un des déclencheurs du diabète de type 1 n'est pas la lutte contre un agent pathogène, mais est en fait la tentative de lutte, une communication défaillante avec les microbes qui vivent dans et sur vous. Et d'une certaine façon peut-être que la communauté microbienne qui est en moi et sur moi, et ensuite ça a déclenché une sorte de réponse immunitaire et la conduit à ce que je tue les cellules qui fabriquent l'insuline dans mon corps.

Et c'est ce dont je veux vous parler pendant quelques minutes, ce que les gens ont appris à l'aide des techniques de séquençage ADN en particulier, pour étudier le nuage microbien qui vit en nous et sur nous. Et je veux vous parler d'un projet personnel. Ma première expérience personnelle avec l'étude des microbes sur le corps humain vient en fait d'une conférence que j'ai donnée, à deux pas d'ici à Georgetown.

J'ai donné une conférence et un ami de la famille qui se trouvait être le Doyen de Georgetown Medical School assistait à la Conférence, et est venu me dire par la suite qu'ils faisaient une étude des greffes iléales chez les gens. Et ils voulaient observer les microbes après la greffe.

Et j'ai donc commencé une collaboration avec cette personne, Michael Zasloff et Thomas Fishbein, pour observer les microbes qui colonisaient ces ilea après qu'on les ait greffés sur quelqu'un. Et je peux vous dire tous les détails de l'étude microbienne que nous avons faite, mais la raison pour laquelle que je tiens à vous raconter cette histoire est une chose vraiment frappante qu'ils l'ont fait au début de ce projet. Ils prennent l'iléon d'un donneur, qui est plein des microbes du donneur et ils ont un bénéficiaire qui pourrait avoir un problème avec sa communauté microbienne, disons la maladie de Crohn, et ils stérilisent l'iléon du donneur. Ils ont nettoyé tous les microbes et ensuite greffé le patient. Ils ont fait cela parce que c'était une pratique courante en médecine, même s'il était évident que ce n'était pas une bonne idée.

Et heureusement, dans le cadre de ce projet, les chirurgiens transplantologues et les autres personnes ont décidé d'oublier la pratique courante. Nous devons passer à autre chose.. Donc ils sont en fait passés à laisser une partie de la communauté microbienne dans l'iléon. Ils laissent les microbes du donneur, et théoriquement, ça pourrait aider les personnes qui reçoivent cette greffe iléale.

Et les gens, c'est donc une étude que j'ai faite. Au cours des dernières années, il y a eu une grande expansion de l'utilisation de la technologie de l'ADN pour l'étude des microbes dans et sur les gens. Il y a quelque chose appelé le Projet Microbiome Humain en ce moment aux États-Unis, et MetaHIT en Europe et beaucoup d'autres projets en cours.

Et quand les gens ont fait diverses d'études, ils ont appris des choses, par exemple, quand un bébé nait au cours de l'accouchement par voie basse, il est colonisé par les microbes de sa mère. Il y a des facteurs de risque associés aux césariennes, certains de ces facteurs de risque peuvent être dus à la mauvaise colonisation lorsqu'on extrait un bébé de sa mère par césarienne plutôt que de pratiquer un accouchement par voie naturelle. Et diverses autres études ont montré que la communauté microbienne qui vit en nous et sur nous contribue au développement du système immunitaire, à repousser les agents pathogènes, à notre métabolisme, et en déterminant notre métabolisme, elle détermine probablement notre odeur et peut même influencer notre comportement de diverses façons.

Et donc, ces études ont documenté ou suggéré à partir de diverses fonctions importantes pour la communauté microbienne, ce nuage, les non-pathogènes qui vivent dans et sur nous. Et un domaine que je pense très intéressant, et que plusieurs d'entre vous peuvent avoir maintenant que nous avons jeté des microbes dans la foule, est une chose que j'appellerais « la germophobie. » Les gens sont vraiment fans de propreté, non ? Nous avons des antibiotiques dans nos tiroirs de cuisine, les gens se lavent tout, tout le temps, nous injectons des antibiotiques dans notre nourriture, dans nos communautés, nous prenons des antibiotiques de manière excessive.

Et tuer les agents pathogènes est une bonne chose si on est malade, mais nous devons comprendre que lorsque nous injections des produits chimiques et des antibiotiques dans notre monde, que nous tuons aussi le nuage de microbes qui vivent dans et sur nous. Et l'utilisation excessive des antibiotiques, en particulier chez les enfants, s'est avérée associée, une fois de plus, aux facteurs de risque de l'obésité, des maladies auto-immunes, pour divers problèmes qui sont probablement dus à des perturbations de la communauté microbienne.

La communauté microbienne peut donc mal tourner que nous le voulions ou non, ou nous pouvons la tuer avec des antibiotiques, mais que pouvons-nous faire pour la restaurer ? Je suis certain que beaucoup de gens ont entendu parler des probiotiques. Les probiotiques sont une chose que vous pouvez essayer pour restaurer la communauté microbienne qui est en vous et sur vous. Et ils se sont certainement montrés efficace dans certains cas. Il y a un projet en cours à UC Davis, où les gens utilisent des probiotiques pour essayer de traiter, de prévenir, l'entérocolite nécrosante chez les prématurés. Les prématurés ont de réels problèmes avec leur communauté microbienne. Et il est possible que les probiotiques puissent contribuer à prévenir le développement de cette horrible entérocolite nécrosante chez ces prématurés.

Mais les probiotiques sont une solution très simple. La plupart des pilules que vous pouvez prendre ou les yaourts que vous pouvez manger contiennent une ou deux espèces, peut-être cinq espèces et la communauté humaine représente des milliers et des milliers d'espèces. Que pouvons-nous faire pour restorer notre communauté microbienne quand nous avons des milliers et des milliers d'espèces sur nous ?

Eh bien, une chose que les animaux semblent faire, ils mangent les matières fécales, c'est la coprophagie. Et il s'avère que de nombreux vétérinaires, surtout de l'ancienne école, font ce qu'on appelle du « thé de bouse» pour traiter les coliques et autres maladies chez les chevaux et les vaches et d'autres animaux, où vous faites une infusion avec la bouse d'un animal sain et vous la donnez à un animal malade. Quoique, à moins d'avoir une vache fistulée avec un gros trou dans son côté, et que vous pouvez mettre votre main dans sa panse, il est difficile d'imaginer que l'apport des microbes directement par la bouche et à travers tout le système digestif soit le meilleur mode d'administration, donc vous avez peut-être entenduque chez les personnes, ion fait maintenant des transplantations fécales, où, plutôt que d'introduire quelques microbes probiotiques par la bouche, on introduit une communauté de probiotiques, une communauté de microbes provenant d'un donneur sain, par l'autre extrémité.

Et cela s'est avéré très efficace dans la lutte contre certaines maladies infectieuses graves comme les infections digestives à Clostridium difficile que les gens peuvent garder pendant des années, des années et des années. La transplantation des fèces, des microbes des fèces, provenant d'un donneur sain a été prouvés'est avérée efficace pour guérir des infections à clostridium difficile chez certaines personnes.

Ce que ces transplantations, ces transplantations fécales, ou le thé de bouse me donnent à penser, et bien d'autres personnes ont eu cette même idée, c'est que la communauté microbienne dans et sur nous, c'est un organe. Nous devons le considérer comme un organe en fonctionnement, une partie de nous-mêmes. Nous devons la traiter avec soin et respect, et nous ne voulons pas l'abîmer, par exemple par des césariennes, ou des antibiotiques ou une propreté excessive, sans vraie bonne raison.

Et ce que les technologies de séquençage ADN permettent aux gens de faire maintenant c'est de faire des études détaillées de, disons, 100 patients atteints de la maladie de Crohn et de 100 personnes qui n'ont pas la maladie de Crohn. Ou 100 personnes qui ont pris des antibiotiques quand ils étaient petits, et 100 personnes qui n'ont pas pris d'antibiotiques. Et nous pouvons maintenant commencer à comparer la communauté des microbes et leurs gènes et voir s'il y a des différences. Et finalement nous pourrions être capables de comprendre si ce ne sont pas de simples différences corrélatives, mais causatives. Des études de systèmes modèles, comme les souris et d'autres animaux contribuent également à le faire, mais les gens utilisent maintenant ces technologies car elles sont devenues très bon marché, pour étudier les microbes dans et sur un large éventail de personnes.

Donc, pour récapituler ce dont je veux vous parler, je ne vous ai pas raconté une partie de l'histoire de devenir diabétique. Il s'avère que mon père était médecin, en fait il étudiait les hormones. Je lui ai dit de nombreuses fois que j'étais fatigué, assoiffé, que je ne me sentais pas très bien. Et il me laissait dire, je crois qu'il pensait que soit je me plaignais beaucoup, ou c'était la réaction typique du médecin « rien ne peut aller mal avec mes enfants. » Nous sommes même allés à une réunion de la Société Internationale d'Endocrinologie en famille au Québec. Et je me levais toutes les cinq minutes pour faire pipi, et boire de l'eau de tout le monde à table, et je pense qu'ils ont tous pensé que j'étais un drogué.

(Rires)

Mais si je vous dis ça, c'est que la communauté médicale, mon père à titre d'exemple, parfois ne voit pas ce qui est juste devant ses yeux. Le nuage microbien, il est juste devant nous. Nous ne pouvons pas le voir la plupart du temps. Il est invisible. Ce sont des microbes. Ils sont minuscules. Mais nous pouvons les voir à travers leur ADN, Nous pouvons les voir à travers les effets qu'ils ont sur les gens.

Et maintenant nous devons commencer à réfléchir à cette communauté microbienne dans le contexte de toute la médecine humaine. Cela ne signifie pas qu'elle affecte chaque partie de nous, mais elle le pourrait. Ce qu'il nous faut c'est un guide pratique complet sur les microbes qui vivent dans et sur les gens, pour que nous puissions comprendre ce qu'ils font de nos vies. Nous sommes eux. Ils sont nous.

Merci.

(Applaudissements)